De microbiologie van het afgelopen decennium kenmerkt zich door een indrukwekkende vooruitgang op het gebied van bio- en informatietechnologie. Voor de klinische microbiologie heeft dit geresulteerd in een grote toename van de diversiteit en de mogelijkheden van moleculaire diagnostische technieken. Deze moleculaire vlucht vindt vooral plaats op het gebied van species determinatie, typering van stammen en het in kaart brengen van complexe microbiota. De afdeling Medische Microbiologie en Infectiepreventie van het VUmc werkt volop aan de ontwikkeling, verbetering en toepassing van nieuwe diagnostische moleculaire laboratorium technieken gekoppeld aan geavanceerde data analyse.
Het onderzoek van de afdeling is onder andere gericht op het gebruik van de IS-profiling (IS-pro) techniek voor eubacteriële diagnostiek en complexe microbioom analyses. Deze techniek is binnen het VUmc ontwikkeld en inmiddels ook beschikbaar in andere centra. Met de IS-pro techniek is het mogelijk om binnen een werkdag een microbioom analyse te verrichten, van het opwerken van het monster tot en met de analyse. IS-pro is ook uitstekend geschikt voor eubacteriele detectie in klinische materialen: het is mogelijk om met een PCR – zonder sequencing – bacteriën in kweeknegatief patiëntmateriaal aan te tonen en te determineren. Het is met deze techniek (‘molecular culture’) niet nodig om vooraf te bepalen op welke species het patiëntmateriaal getest moet worden [Budding et al, Automated Broad-Range Molecular Detection of Bacteria in Clinical Samples. J Clin Microbiol 2016, 54:934-43)].
Daarnaast wordt een vernieuwde versie van de reeds bestaande Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) analyse ontwikkeld. Met AFLP analyse van geïsoleerde stammen kunnen we snel (binnen 4 uur) en betrouwbaar een bacteriële typering uitvoeren om de clonaliteit van gekweekte stammen in kaart te brengen en daarmee de verspreiding van bacteriën binnen het ziekenhuis traceren. De eenvoud en snelheid van AFLP maken deze techniek uitermate geschikt voor infectiepreventiedoeleinden. Door een nieuwe AFLP standaardisatie is het nu mogelijk om AFLP profielen gegenereerd in verschillende laboratoria met elkaar te vergelijken. AFLP data kunnen zelfs vergeleken worden met whole genome sequence data. Hiernaast kan AFLP ook gebruikt worden voor species identificatie, wanneer de klassieke biochemische of MALDI-TOF determinatie ons in de steek laat.
